Chorproben und Einzelunterricht bestimmen die musikalische Ausbildung. In der täglichen Probenarbeit studieren die Jungen die anspruchsvollen Werke aus allen Epochen der Musikgeschichte ein, um sie in den Aufführungen des Chores auf höchstem künstlerischem Niveau zu präsentieren. Die Einstudierungsphasen werden ergänzt durch historische, theologische und kulturelle Erläuterungen.
Jeder Kruzianer erhält wöchentlichen Einzelunterricht im Fach Gesang, der die Basis für das chorische Musizieren legt. Besonders begabte Kruzianer werden auf solistische Auftritte oder die Mitwirkung in Operninszenierungen vorbereitet. Abiturienten, die zukünftig ein Musikstudium aufnehmen wollen, erhalten gezielte Förderung.
Alle Jungen erlernen zusätzlich ein Instrument im wöchentlichen Unterricht, zumeist Klavier oder Violine. Besonders talentierte Kruzianer können darüber hinaus ein weiteres Instrument im Förderunterricht erlernen. Begleitend wird das musiktheoretische Wissen gefestigt, um die sängerische Entwicklung sinnvoll zu ergänzen.
Ausgewählte Kruzianer der älteren Jahrgänge werden vom Kreuzkantor und dem Chorassistenten individuell im künstlerischen Unterricht zu Chorpräfekten ausgebildet.
Um trotz häufiger chorischer Verpflichtungen gute Ergebnisse in den Einzelunterrichtsfächern zu erzielen, verfügen die Lehrkräfte über jahrelange Erfahrungen, pädagogische Kompetenz, Geduld und die Fähigkeit, die Lehrpläne methodisch optimal umzusetzen.